图尔库大学的渊源可以追溯到1640年建立的图尔库皇家学院，该学院于1827年因图尔库大火而搬到首都赫尔辛基。
1640年，土尔库皇家科学院的成立促进了地土尔库地区与其它外国大学的学者交换。土尔库大学成立后，继续注重国际合作与学生交换。不仅其科研项目与国外合作由来已久，土尔库大学还与其它大学签定了教学合作协议，如与在土尔库市的奥布瑞典语大学和土尔库财经学院联合提供国际硕士课程。
2010年，作为芬兰高等教育改革的一部分，图尔库大学与图尔库经济学院合并，组成新的图尔库大学。
除了作为主体的各院系之外，图尔库大学还有众多的研究中心和科研机构，其它组成部分包括:语言中心、环境研究中心、海洋研究中心、食品安全研究中心、Tuorla天文台、图尔库生物化学中心、图尔库PET中心、图尔库计算机中心、商务与创新中心、亚洲研究中心、波罗的海研究中心、公共选择研究中心、生物信息技术研究中心、嵌入式计算、环境科学中心、欧洲媒体、数字遗产和信息社会、未来研究中心、全球信息技术管理研究中心、全球创新管理研究中心、信息技术研究中心、制度与社会机制研究中心、学习、学习环境与教育体制研究中心、信息技术管理研究中心、物理科学、天文学研究中心、芬兰语研究中心。
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