国立清华大学成立于民国前一年（1911年），校址为北平西郊的清华园，最初名称为清华学堂。1914年冬天，梁启超先生来校演讲，引述易经中天行健君子以自强不息，地势坤君子以厚德载物勉励同学以君子自期，自此以后自强不息，厚德载物便成为清华的校训。 1928年，学校校名正式定为国立清华大学。对日抗战爆发后，迁校昆明，与北京大学、南开大学合组为西南联合大学，胜利后复员北平。1956年在梅贻琦校长主持下又在台湾新竹建校。
国共内战后，清华大学被分成两个，北京的清华大学由中华人民共和国政府接管，而台湾当局则于1955年于台湾省新竹市让清华大学复校，复校之初首设原子科学研究所。
学校毕业校友活跃各界，尤其在学术界，前后共有三位诺贝尔奖得主及一位数学伍尔夫奖得主为清华校友，足见清华光荣的历史传统与优良的学风。 清华大学复校初期重点为原子科学，其后则扩展至理工方面，近十几年来更积极发展人文社会、生命科学、电机资讯与科技管理；渐渐地，清华已成为一文、理、工均衡发展的学府。 2011年韦博世界大学排名在名列264位。台湾第四位。
位于新竹的清华大学与位于北京的清华大学渊源深厚，在清华大学新竹校区内，有一北京清华二校门的等比例缩小复制品，象徵两校之间的一脉相承。新竹清华与北京清华有「一笔写不出两个清华」的说法。现更合作提供MOOC课程、学术访问制度以及双联学位课程，未来将朝向更紧密合作的方向前进。
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